先天性生殖器官发育畸形和/或功能障碍，常防碍性功能，影响生育力;虽发生率不高，但也是男性不育的重要原因之一。
1、阴茎先天性异常：有、隐匿阴茎、小阴茎(长度小于5cm)及异位阴茎(如阴囊后阴茎)等，影响阴茎不能勃起性交或精子过少而无受孕的可能。
2、尿道畸形：如尿道上裂和尿道下裂，常影响性交或精子未能射入阴道内，其他如先天性尿道憩室及狭小等，可有程度不等的射精障碍。
3、睾丸发育和位置异常：有无睾、睾丸发育不全、隐睾、睾丸融合、多睾、睾丸附睾分离等，干扰或摧毁睾丸的正常生理功能，造成精子生成障碍，影响性功能和生殖能力。
4、其他：先天性附睾、输精管发育不全或缺如、输精管道梗阻、精囊发育不全或缺如、前列腺发育不全与憩室等均造成附属性腺功能障碍而致使不育。
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